Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SF3A1Q15459 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms