Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.245e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.165e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.15e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.095e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.085e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-214ENST00000550147 1855 ntTSL 1 (best)21.69■■□□□ 1.065e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RAP1GAP-203ENST00000374757 1328 ntTSL 521.65■■□□□ 1.065e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.055e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.055e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 SDF4-205ENST00000465727 2095 ntTSL 221.25■□□□□ 0.995e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.975e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 NRBP2-207ENST00000531729 1064 ntTSL 1 (best)21.01■□□□□ 0.955e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.945e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.95e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.895e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.865e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.855e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.855e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.815e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.815e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF4G1-230ENST00000460829 1804 ntTSL 219.97■□□□□ 0.795e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.765e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.725e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-209ENST00000548971 1493 ntTSL 519.48■□□□□ 0.715e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.75e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.635e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.625e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AC107871.1-203ENST00000637054 3238 ntTSL 518.7■□□□□ 0.585e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-206ENST00000473439 638 ntTSL 218.61■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AC107871.1-201ENST00000637888 2941 ntTSL 518.59■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.565e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.565e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.535e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ARHGEF7-216ENST00000483540 557 ntTSL 418.2■□□□□ 0.55e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CTDP1-207ENST00000591598 3228 ntTSL 1 (best)18.14■□□□□ 0.495e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.465e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.445e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 NRBP2-201ENST00000423469 2905 ntTSL 1 (best)17.78■□□□□ 0.445e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 PSRC1-210ENST00000471740 738 ntTSL 317.71■□□□□ 0.435e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF4G1-233ENST00000475721 1271 ntTSL 217.35■□□□□ 0.375e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.365e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.365e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.355e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.355e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 NTAN1-208ENST00000568320 667 ntTSL 217.26■□□□□ 0.355e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.345e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-209ENST00000596482 866 ntTSL 517.1■□□□□ 0.335e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.325e-16■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 MTCH2-203ENST00000530428 930 ntTSL 516.95■□□□□ 0.35e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.285e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.285e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.275e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AURKA-213ENST00000456249 810 ntTSL 216.67■□□□□ 0.265e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 FBXW9-202ENST00000587296 1581 ntTSL 216.67■□□□□ 0.265e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 PSRC1-209ENST00000459765 839 ntTSL 216.52■□□□□ 0.245e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.235e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.25e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-212ENST00000549610 1116 ntTSL 1 (best)16.22■□□□□ 0.195e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ADAR-202ENST00000368474 6625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.185e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.185e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-210ENST00000425265 866 ntTSL 316.19■□□□□ 0.185e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF3B-207ENST00000465670 2766 ntTSL 216.08■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 PDPR-203ENST00000561920 2194 ntTSL 515.99■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-211ENST00000549572 1514 ntTSL 515.61■□□□□ 0.095e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AURKA-210ENST00000422322 744 ntTSL 315.54■□□□□ 0.085e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 BID-208ENST00000550946 1394 ntTSL 1 (best)15.49■□□□□ 0.075e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 DECR2-213ENST00000631605 558 ntTSL 515.36■□□□□ 0.055e-16■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.015e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 WARS-243ENST00000557722 848 ntTSL 515.06■□□□□ 05e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HAUS7-209ENST00000490453 586 ntTSL 315□□□□□ -0.015e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 SPOUT1-201ENST00000361256 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.015e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF3B-212ENST00000494658 637 ntTSL 214.81□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CTDP1-202ENST00000299543 3380 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-210ENST00000599097 770 ntTSL 314.62□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TJP2-211ENST00000636247 3725 ntTSL 1 (best)14.62□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-213ENST00000549679 1466 ntTSL 514.52□□□□□ -0.085e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ARHGEF7-210ENST00000449979 682 ntTSL 514.37□□□□□ -0.115e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-212ENST00000468093 1042 ntTSL 313.98□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-215ENST00000550407 1132 ntTSL 513.84□□□□□ -0.195e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AURKA-211ENST00000441357 991 ntTSL 313.82□□□□□ -0.25e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CALML4-202ENST00000395463 1445 ntTSL 1 (best)13.78□□□□□ -0.25e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HAUS7-206ENST00000464993 851 ntTSL 213.61□□□□□ -0.235e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 MAST4-202ENST00000403625 10711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.245e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 IFT172-217ENST00000509128 1723 ntTSL 1 (best)13.56□□□□□ -0.245e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AL603832.3-205ENST00000606954 680 ntTSL 213.53□□□□□ -0.245e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 PSRC1-207ENST00000418914 1040 ntTSL 1 (best)13.49□□□□□ -0.255e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-202ENST00000394357 1402 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-213ENST00000473074 943 ntTSL 513.39□□□□□ -0.275e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 IFT172-215ENST00000494163 607 ntTSL 313.25□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 AC107871.1-204ENST00000638026 2895 ntTSL 1 (best)13.22□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC12.97□□□□□ -0.335e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RAP1GAP-202ENST00000317967 600 ntTSL 212.9□□□□□ -0.345e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-218ENST00000528831 463 ntTSL 312.78□□□□□ -0.365e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TARBP2-218ENST00000552650 954 ntTSL 212.75□□□□□ -0.375e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF2A-214ENST00000487799 1913 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.375e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-219ENST00000534717 574 ntTSL 312.62□□□□□ -0.395e-6■■■■■ 35.2
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