Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXD3P31249 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms