Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms