Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD4P09016 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms