Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
SPTA1P02549 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SPTA1P02549 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms