Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL3A1P02461 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms