Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN3O15551 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms