Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC37.2■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC37.2■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC37.2■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC37.19■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC37.16■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC37.16■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC37.13■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC37.13■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC37.1■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC37.08■■■■□ 3.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms