Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX2-4Q9H2Z4 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms