Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC43Q96MW1 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC43Q96MW1 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms