Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms