Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
SYNE3Q6ZMZ3 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SYNE3Q6ZMZ3 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms