Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
USF3Q68DE3 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms