Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC32.27■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
TCOF1Q13428 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
TCOF1Q13428 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms