Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms