Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
HMGA1P17096 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HMGA1P17096 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms