Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms