Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SHOX2O60902 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
SHOX2O60902 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SHOX2O60902 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SHOX2O60902 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SHOX2O60902 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
SHOX2O60902 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SHOX2O60902 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SHOX2O60902 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SHOX2O60902 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms