Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.32■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC37.32■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.32■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC37.29■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC37.27■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC37.27■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
CCDC88BA6NC98 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC37.26■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC37.26■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC37.25■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC37.25■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC37.25■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC37.25■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC37.22■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.21■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC37.21■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCDC88BA6NC98 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC37.2■■■■□ 3.54
CCDC88BA6NC98 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms