Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 AC005529.1-201ENST00000411969 289 ntTSL 5 BASIC5.99□□□□□ -1.451e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGAP1L-208ENST00000392064 6282 ntTSL 1 (best) BASIC5.95□□□□□ -1.461e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGAP1L-215ENST00000485114 537 ntTSL 35.82□□□□□ -1.481e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGAP1L-212ENST00000469553 2103 ntTSL 1 (best)5.59□□□□□ -1.511e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGAP1L-205ENST00000367687 1849 ntTSL 2 BASIC5.32□□□□□ -1.561e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGAP1L-206ENST00000367688 1425 ntTSL 2 BASIC4.92□□□□□ -1.621e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGAP1L-202ENST00000325589 1880 ntTSL 1 (best) BASIC4.54□□□□□ -1.681e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGAP1L-203ENST00000347255 1744 ntTSL 1 (best) BASIC4.52□□□□□ -1.691e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 THOC5-217ENST00000492707 550 ntTSL 34.16□□□□□ -1.741e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 HNRNPUL2-202ENST00000540127 439 ntTSL 34.11□□□□□ -1.751e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.632e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.452e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.112e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-209ENST00000409988 2698 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.062e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-208ENST00000409718 2648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.13□□□□□ -0.632e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-206ENST00000409385 2320 ntTSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.722e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-201ENST00000358677 6156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.94□□□□□ -1.142e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SPATS2L-227ENST00000619961 6115 ntTSL 2 BASIC7.71□□□□□ -1.172e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 EME1-208ENST00000511711 679 ntTSL 511.72□□□□□ -0.531e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 EME1-206ENST00000511519 562 ntTSL 59.36□□□□□ -0.911e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 CTNNB1-214ENST00000485265 835 ntTSL 25.38□□□□□ -1.552e-9■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 CYP2W1-205ENST00000468456 557 ntTSL 416.13■□□□□ 0.172e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 CYP2W1-204ENST00000462453 566 ntTSL 415.28■□□□□ 0.042e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 CDC27-205ENST00000528147 463 ntTSL 412.64□□□□□ -0.396e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 MAPK12-210ENST00000497738 2021 ntTSL 1 (best)17.6■□□□□ 0.414e-7■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 ARNT-206ENST00000497108 546 ntTSL 48.12□□□□□ -1.113e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 NOL4L-208ENST00000475781 1127 ntTSL 515.13■□□□□ 0.013e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 NOL4L-203ENST00000359676 5991 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.553e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 ERI1-206ENST00000521844 557 ntTSL 421.05■□□□□ 0.961e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 MIR647-201ENST00000384823 96 ntBASIC9.7□□□□□ -0.861e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 LRPPRC-208ENST00000472420 694 ntTSL 26.58□□□□□ -1.361e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 AL049650.1-201ENST00000461548 823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.22□□□□□ -1.411e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 LRPPRC-209ENST00000483489 564 ntTSL 24.32□□□□□ -1.721e-8■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 12e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.862e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.792e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.642e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.152e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.092e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SMOX-206ENST00000457205 1669 ntTSL 514.99□□□□□ -0.012e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SAFB2-208ENST00000591120 1298 ntTSL 212.46□□□□□ -0.413e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 SAFB2-206ENST00000590262 564 ntTSL 48.09□□□□□ -1.113e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 GATD1-204ENST00000465313 446 ntTSL 314.22□□□□□ -0.134e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-218ENST00000522535 653 ntTSL 420.64■□□□□ 0.892e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-206ENST00000518254 755 ntTSL 512.76□□□□□ -0.372e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-211ENST00000520329 836 ntTSL 512.76□□□□□ -0.372e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-223ENST00000524169 784 ntTSL 312.14□□□□□ -0.472e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-207ENST00000518397 830 ntTSL 58.79□□□□□ -12e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-202ENST00000380737 3940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.5□□□□□ -1.052e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-209ENST00000519439 658 ntTSL 35.58□□□□□ -1.522e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-222ENST00000524099 569 ntTSL 45.52□□□□□ -1.532e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-219ENST00000523473 654 ntTSL 44.92□□□□□ -1.622e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-215ENST00000521557 601 ntTSL 44.89□□□□□ -1.632e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-213ENST00000521095 579 ntTSL 34.76□□□□□ -1.652e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-220ENST00000523925 529 ntTSL 34.7□□□□□ -1.662e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-201ENST00000315985 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC4.49□□□□□ -1.692e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-216ENST00000522150 573 ntTSL 54.47□□□□□ -1.692e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-214ENST00000521484 556 ntTSL 43.35□□□□□ -1.872e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-217ENST00000522482 576 ntTSL 42.98□□□□□ -1.932e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PPP2R2A-210ENST00000519636 575 ntTSL 52.83□□□□□ -1.962e-6■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PIF1-204ENST00000558547 268 ntTSL 26.48□□□□□ -1.371e-9■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 C3-203ENST00000594270 349 ntTSL 59.71□□□□□ -0.865e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 FLII-228ENST00000582626 573 ntTSL 316.87■□□□□ 0.298e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 PHYKPL-214ENST00000506045 731 ntTSL 511.13□□□□□ -0.638e-10■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 AC138409.2-203ENST00000508395 553 ntTSL 4 BASIC11.72□□□□□ -0.535e-17■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 AC138409.2-201ENST00000514048 5001 ntTSL 5 BASIC5.47□□□□□ -1.535e-17■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 AC138409.2-202ENST00000507274 458 ntBASIC5.2□□□□□ -1.585e-17■□□□□ 10.6
SF3B4Q15427 RABGGTB-205ENST00000462042 569 ntTSL 35.43□□□□□ -1.541e-323■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RABGGTB-202ENST00000370826 512 ntTSL 2 BASIC3.86□□□□□ -1.791e-323■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 MSH5-219ENST00000497269 764 ntTSL 25.28□□□□□ -1.564e-8■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 DMXL1-211ENST00000512281 811 ntTSL 35.31□□□□□ -1.569e-14■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 PTPN12-212ENST00000494248 470 ntTSL 32.43□□□□□ -2.029e-14■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 KIF23-209ENST00000559456 1282 ntTSL 34.31□□□□□ -1.721e-6■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 MVD-213ENST00000566636 863 ntTSL 317.96■□□□□ 0.477e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 GHITM-201ENST00000372134 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.414e-6■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ATF7IP2-201ENST00000324570 3396 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.483e-6■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ATF7IP2-215ENST00000568027 3406 ntTSL 1 (best)5.57□□□□□ -1.523e-6■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ATF7IP2-202ENST00000356427 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.1□□□□□ -1.593e-6■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 CSNK2B-208ENST00000481269 785 ntTSL 210.25□□□□□ -0.772e-6■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.127e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.567e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 HOXC6-204ENST00000509328 358 ntTSL 318.26■□□□□ 0.517e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.197e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 HOXC9-202ENST00000504557 581 ntTSL 312.92□□□□□ -0.347e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 HOXC6-203ENST00000504315 538 ntTSL 312.44□□□□□ -0.427e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 CTTN-209ENST00000525276 584 ntTSL 310.37□□□□□ -0.757e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.174e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ANKRD11-211ENST00000566973 442 ntTSL 218.66■□□□□ 0.584e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.254e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.154e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC14.39□□□□□ -0.114e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RIC8A-203ENST00000526104 3703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.394e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RIC8A-204ENST00000526557 670 ntTSL 212.4□□□□□ -0.424e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ANKRD11-207ENST00000562816 573 ntTSL 410.52□□□□□ -0.734e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RIC8A-212ENST00000530149 3417 nt9.02□□□□□ -0.974e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RIC8A-211ENST00000529275 440 ntTSL 29□□□□□ -0.974e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ANKRD11-215ENST00000568512 294 ntTSL 27.98□□□□□ -1.134e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RIC8A-202ENST00000524854 649 ntTSL 36.54□□□□□ -1.364e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 AC010132.3-202ENST00000433579 1231 ntAPPRIS ALT2 TSL 220.99■□□□□ 0.957e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 PSMA2-201ENST00000223321 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.9□□□□□ -0.837e-7■□□□□ 10.5
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 618.4 ms