Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms