Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMC4Q9NTJ3 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMC4Q9NTJ3 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms