Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms