Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CLIP3Q96DZ5 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CLIP3Q96DZ5 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms