Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BDNFP23560 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BDNFP23560 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BDNFP23560 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BDNFP23560 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BDNFP23560 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BDNFP23560 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
BDNFP23560 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms