Protein–RNA interactions for Protein: Q9UIU6

SIX4, Homeobox protein SIX4, humanhuman

Predictions only

Length 781 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX4Q9UIU6 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SIX4Q9UIU6 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SIX4Q9UIU6 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SIX4Q9UIU6 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms