Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCAL1Q9NZC9 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms