Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms