Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 200.5 ms