Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00477Q96M19 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00477Q96M19 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms