Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SKA1Q96BD8 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA1Q96BD8 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms