Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
VPS53Q5VIR6 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms