Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDAC4P56524 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms