Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL18A1P39060 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL18A1P39060 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms