Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms