Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTPN4P29074 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTPN4P29074 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
PTPN4P29074 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms