Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms