Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP28Q96RU2 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP28Q96RU2 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.7 ms