Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC28AQ8IWP9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC28AQ8IWP9 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms