Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP4Q13107 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP4Q13107 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP4Q13107 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP4Q13107 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP4Q13107 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP4Q13107 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP4Q13107 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP4Q13107 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP4Q13107 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms