Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 PTGES2-212ENST00000496594 2103 ntTSL 523.38■■□□□ 1.332e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.052e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-207ENST00000483625 898 ntTSL 521.57■■□□□ 1.042e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-204ENST00000474124 873 ntTSL 521.35■■□□□ 1.012e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-209ENST00000485510 784 ntTSL 321.35■■□□□ 1.012e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-203ENST00000449878 803 ntTSL 521.23■□□□□ 0.992e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.972e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-207ENST00000597716 2198 ntTSL 220.14■□□□□ 0.812e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 LPCAT1-203ENST00000503252 2694 ntTSL 219.58■□□□□ 0.722e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.722e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.642e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.622e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-205ENST00000433366 5773 ntTSL 518.04■□□□□ 0.482e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.472e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-211ENST00000601685 2552 nt17.96■□□□□ 0.472e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.455e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 NFKBID-203ENST00000585925 1036 ntTSL 317.86■□□□□ 0.452e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.42e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.392e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-204ENST00000431225 1687 ntTSL 517.04■□□□□ 0.322e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 OBSL1-205ENST00000456147 1571 ntTSL 216.92■□□□□ 0.32e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.212e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.195e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-207ENST00000571564 714 ntTSL 516.24■□□□□ 0.195e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.185e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.155e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 OBSL1-215ENST00000604031 1774 ntTSL 216■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.142e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 KMT5C-211ENST00000592631 869 ntTSL 315.91■□□□□ 0.142e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-206ENST00000476748 699 ntTSL 215.58■□□□□ 0.082e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-216ENST00000576126 472 ntTSL 315.5■□□□□ 0.075e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-206ENST00000597354 519 ntTSL 315.44■□□□□ 0.062e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-213ENST00000497109 684 ntTSL 515.29■□□□□ 0.042e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 KMT5C-204ENST00000460956 637 ntTSL 514.71□□□□□ -0.052e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.118e-8■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-205ENST00000595177 488 ntTSL 414.34□□□□□ -0.112e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-205ENST00000571176 845 ntTSL 314.21□□□□□ -0.135e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-202ENST00000593700 1118 ntTSL 1 (best)14.18□□□□□ -0.142e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 KMT5C-207ENST00000474492 726 ntTSL 213.79□□□□□ -0.22e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-212ENST00000492395 4490 ntTSL 1 (best)13.65□□□□□ -0.222e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 NFKBID-209ENST00000591730 844 ntTSL 513.59□□□□□ -0.232e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 MAN2C1-243ENST00000570257 992 ntTSL 513.07□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 37.1
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SF3A3Q12874 ZSWIM8-202ENST00000412198 3611 ntTSL 212.94□□□□□ -0.342e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CTSH-204ENST00000527715 2138 ntTSL 1 (best)12.59□□□□□ -0.392e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PPIL2-211ENST00000498109 563 ntTSL 212.5□□□□□ -0.412e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TROAP-201ENST00000257909 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.419e-8■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-214ENST00000603187 3713 ntTSL 1 (best)12.19□□□□□ -0.462e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ZSWIM8-222ENST00000604754 3369 ntTSL 1 (best)12.17□□□□□ -0.462e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SLC26A11-209ENST00000571888 537 ntTSL 412.1□□□□□ -0.475e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SUGP1-205ENST00000586387 626 ntTSL 312.04□□□□□ -0.482e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TROAP-215ENST00000551245 2771 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.02□□□□□ -0.489e-8■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-204ENST00000594552 1046 ntTSL 211.58□□□□□ -0.562e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 SUGP1-212ENST00000591007 1377 ntTSL 1 (best)11.38□□□□□ -0.592e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-208ENST00000485237 258 ntTSL 311.24□□□□□ -0.612e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PGAM1-202ENST00000467867 1187 ntTSL 210.93□□□□□ -0.662e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-209ENST00000597987 896 ntTSL 510.37□□□□□ -0.752e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 KMT5C-209ENST00000587442 464 ntTSL 310.35□□□□□ -0.752e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAF1D-209ENST00000528734 664 ntTSL 24.02□□□□□ -1.772e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.573e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-207ENST00000425796 994 ntTSL 317.36■□□□□ 0.373e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.023e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-202ENST00000251547 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-209ENST00000475435 942 ntTSL 312.45□□□□□ -0.423e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-203ENST00000376760 822 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.513e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-206ENST00000376770 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.533e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 FBXO44-208ENST00000471895 769 ntTSL 310.09□□□□□ -0.793e-6■■■■■ 37
SF3A3Q12874 NARFL-206ENST00000563051 2943 ntTSL 217.37■□□□□ 0.379e-9■■■■■ 37
SF3A3Q12874 NARFL-214ENST00000566650 2818 ntTSL 216.61■□□□□ 0.259e-9■■■■■ 37
SF3A3Q12874 NARFL-208ENST00000564285 1350 ntTSL 214.77□□□□□ -0.049e-9■■■■■ 37
SF3A3Q12874 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.673e-6■■■■■ 36.9
SF3A3Q12874 ESRP2-205ENST00000562738 590 ntTSL 414.72□□□□□ -0.057e-8■■■■■ 36.9
SF3A3Q12874 CNOT1-202ENST00000441024 4999 ntTSL 1 (best) BASIC6.79□□□□□ -1.323e-7■■■■■ 36.8
SF3A3Q12874 RECQL4-202ENST00000524998 686 ntTSL 316.75■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 36.8
SF3A3Q12874 RECQL4-207ENST00000534538 725 ntTSL 315.32■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 36.8
SF3A3Q12874 KPNA4-201ENST00000334256 8981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.091e-323■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 SCARNA7-201ENST00000458797 330 ntBASIC8.88□□□□□ -0.991e-323■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 KPNA4-203ENST00000483437 510 ntTSL 54.7□□□□□ -1.661e-323■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 BCAR1-222ENST00000569340 714 ntTSL 311.89□□□□□ -0.514e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 KIAA0319L-217ENST00000485551 4398 ntTSL 27.75□□□□□ -1.171e-6■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 NFKBIA-207ENST00000557100 825 ntTSL 316.24■□□□□ 0.191e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 PFKFB4-207ENST00000445633 1733 ntTSL 1 (best)22.83■■□□□ 1.254e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 PFKFB4-205ENST00000417753 1744 ntTSL 1 (best)22.83■■□□□ 1.254e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.094e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.924e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 PFKFB4-213ENST00000490115 1757 ntTSL 1 (best)19.35■□□□□ 0.694e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.164e-7■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 NFKBIA-204ENST00000555371 690 ntTSL 39.51□□□□□ -0.896e-8■■■■■ 36.7
SF3A3Q12874 CCDC57-203ENST00000392343 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.061e-6■■■■■ 36.6
SF3A3Q12874 MINK1-208ENST00000572629 827 ntTSL 314.67□□□□□ -0.062e-14■■■■■ 36.6
SF3A3Q12874 MINK1-205ENST00000571526 552 ntTSL 412.85□□□□□ -0.352e-14■■■■■ 36.6
SF3A3Q12874 MAPK12-205ENST00000482969 2101 ntTSL 218.99■□□□□ 0.631e-6■■■■■ 36.5
SF3A3Q12874 VARS-216ENST00000428445 863 ntTSL 513.93□□□□□ -0.181e-6■■■■■ 36.5
SF3A3Q12874 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.226e-8■■■■■ 36.5
SF3A3Q12874 CAMSAP1-202ENST00000389532 7696 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.266e-8■■■■■ 36.5
SF3A3Q12874 CAMSAP1-201ENST00000312405 6054 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.416e-8■■■■■ 36.5
SF3A3Q12874 RNF44-205ENST00000508478 662 ntTSL 315.2■□□□□ 0.021e-6■■■■■ 36.4
SF3A3Q12874 CHTF18-203ENST00000426047 790 ntTSL 315.75■□□□□ 0.112e-37■■■■■ 36.4
SF3A3Q12874 CHTF18-211ENST00000491530 819 ntTSL 514.44□□□□□ -0.12e-37■■■■■ 36.4
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