Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms