Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms