Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A3P12111 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms