Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP40Q9NVE5 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP40Q9NVE5 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.4 ms