Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC28.26■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
SHANK3Q9BYB0 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms