Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SF3A1Q15459 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SF3A1Q15459 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
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