Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG3P49916 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG3P49916 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG3P49916 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG3P49916 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG3P49916 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG3P49916 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG3P49916 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG3P49916 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG3P49916 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG3P49916 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG3P49916 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms