Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN4AP35499 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN4AP35499 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SCN4AP35499 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SCN4AP35499 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SCN4AP35499 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SCN4AP35499 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms